Dezvoltarea relațiilor marfă-bani în orașele europene în secolele al XII-lea și al XIII-lea a dus la creșterea orașelor. Educația a devenit mai răspândită și, odată cu ea, a venit și gândirea liberă. Țăranii au început să lupte împotriva clasei conducătoare a domnilor feudali și adesea lupta lor a fost învăluită într-o ideologie care era considerată ostilă în biserică. În această perioadă a început prima criză a catolicismului.
Vaticanul a făcut încercări de a o depăși, după ce a efectuat transformări semnificative și a realizat o reînnoire ideologică. Au apărut ordine de călugări mendicanti, iar doctrina întocmită de Toma d'Aquino, care vizează armonia dintre raţiune şi credinţă, a fost adoptată ca principală doctrină bisericească. În acest moment a început lupta împotriva ereziei, pentru care a fost creată Inchiziția, în Evul Mediu această organizație a devenit forța de care se temea o mare parte a populației din țările catolice.
Activitatea sa s-a desfășurat la sfârșitul secolului al XII-lea. În 1184, Papa Lucius al III-lea a ordonat tuturor episcopilor să găsească eretici, să le stabilească vinovăția și să-i predea autorităților seculare, care urmau să execute pedeapsa. În 1215, mărturisirea a devenit obligatorie pentru toată lumea, cei care au refuzat să o treacă au fost excomunicați din Biserică, iar cel mai adesea nu au supraviețuit. Citirea Bibliei era interzisă cetățenilor obișnuiți, interpretarea scripturilor rămânea apanajul bisericii. Cetăţenii de rând, fanotici ai credinţei, erau uniţi în organizaţii angajate în căutarea ereticilor. Din 1227, activitatea Inchiziției este în plină desfășurare. Unul dintre cei mai groaznici inchizitori din istorie a fost Homa Torquemada, care și-a desfășurat activitățile în Spania. Odată cu el, execuția ereticilor a devenit publică și s-a creat un cod care definește drepturile și funcțiile, precum și începuturile procesuale ale curții de inchiziție.
De-a lungul timpului, inchizitorii au început să acuze tot mai mulți oameni de erezie.O atenție deosebită a fost acordată femeilor. Mulți dintre ei au început să fie acuzați de vrăjitorie, o femeie putea ajunge pe rug, chiar dacă pur și simplu s-a remarcat din mulțime prin aspect sau fel de comportament. Orice bărbat își putea explica pasiunea pentru cutare sau cutare femeie cu farmece și vrăjitorie, împotriva cărora inchizitorii au lansat o luptă. Astfel, Inchiziția din Evul Mediu a pierdut un număr imens de oameni, iar toate acestea au fost făcute pentru a întări puterea bisericii asupra lumii catolice, pe care, în timp, oricum a pierdut-o.