Zeii Feniciei sunt puțin cunoscuți în cultura populară, deși mulți au auzit probabil numele zeului Baal, care este cel mai adesea asociat cu Cartagina și nu cu Fenicia. Cu toate acestea, până în primul mileniu î.Hr. fenicienii îl venerau pe El ca pe zeul suprem. Ei îl considerau o zeitate care guvernează universul, dar nu se amestecă în treburile pământești, așa că „popularitatea” lui a început să scadă. Istoricul antic Filon, făcând o paralelă între mitologia feniciană și cea greacă, i-a dat sensul pe care grecii l-au dat lui Chronos. Ca și în mitologia greacă, noul zeu suprem Baal l-a răsturnat pe vechiul conducător.
Pentru fenicieni, Baal-Shamim era zeitatea cosmosului, el conducea cerul, toată viața pământească și îi patrona pe marinari. El a trăit deasupra solului și a fost venerat în toate orașele feniciene, inclusiv în colonii. În același timp, fenicienii îl venerau și pe zeul mării, Baal Malak, este foarte posibil ca fenicienii să fi numit una dintre coloniile lor spaniole, orașul Malaga, în cinstea lui. Aparent, după dispariția statului fenician, cartaginezii au combinat aceste două imagini și au continuat să se închine zeului Baal.
Cu toate acestea, nu toți zeii din Fenicia erau „unici” - unele zeități le-au venit din cultura sumeriană. Zeița Astarte era considerată de fenicieni zeitatea feminină supremă, pentru ei era zeița fertilității și a iubirii. În același timp, babilonienii o venerau pe zeița Ishtar, care are aceleași funcții, iar asirienii o venerau pe zeița Astarte ca pe zeița războiului, deși ea ocupa același loc în ierarhia divină.
Cultul zeităților superioare în rândul fenicienilor a fost destul de puternic, cu o anumită periodicitate reprezentanții tuturor coloniilor feniciene au plecat într-o călătorie lungă și riscantă spre Tir și alte centre religioase ale Feniciei, tocmai pentru a primi binecuvântări de la zeii lor. Această tradiție a fost puternică până la căderea Feniciei sub loviturile asirienilor.