Teritoriul pe care se află Iranul modern a devenit parte a statului sasanid în Evul Mediu. În secolul al VI-lea, s-a slăbit semnificativ din cauza conflictelor interne și a feudelor. Khosrow al II-lea Parviz, care a domnit între 590 și 628, a reușit să restabilească ordinea cu sprijinul Bizanțului, dar mai târziu a izbucnit din nou conflictul cu bizantinii, timp în care statul sasanid a primit o lovitură puternică din care nu s-a mai putut recupera. Drept urmare, arabii au ocupat rapid o mare parte din Mesopotamia. În 650, capitala Persiei, Istakhra, a căzut sub loviturile invadatorilor, iar întregul Iran a intrat sub puterea Califatului Arab.
Ulterior, Iranul în Evul Mediu a devenit un câmp de luptă între reprezentanții diferitelor dinastii conducătoare, inclusiv cele turcești, care au domnit aici până la începutul secolului al XI-lea. Aproape de mijlocul acestui secol, Iranul a căzut sub loviturile turcilor selgiucizi, care locuiau în Syr Darya, apoi în Khorezm, iar în 1040 au capturat Khorasan. Din acel moment, Iranul a devenit parte a statului Selgiuk, care a ocupat cea mai mare parte a Orientului Mijlociu. În secolul al XII-lea, puterea a trecut la Khorezm. Statul sub Khorezmshah s-a extins la limite uriașe, dar a început din nou să fie zdruncinat de luptele intestine, care s-au dovedit a fi benefice pentru mongoli.
Războiul cu mongolii a început în toamna anului 1219, Khorezmshah Muhammad s-a dovedit a fi un conducător slab și nu a putut rezista hoardelor de cuceritori bine pregătiți. Deja în 1221, moștenitorul său a fost forțat să fugă peste râul Indus. Invadatorii au jefuit întregul stat, apoi au jefuit Media, Azerbaidjan și Rusia. Numai Kerman și Fars au reușit să supraviețuiască, deoarece s-au răscumpărat de mongoli. La sfârșitul secolului al XIV-lea, Iranul a fost cucerit de timurizi. Evul Mediu pentru Iran s-a încheiat cu căderea dinastiei turkmene sub loviturile lui Shah Ismail, care a fondat dinastia Safavid.