Nimeni nu știe exact ce a cauzat dispariția civilizației Maya. Singurul lucru care poate fi spus cu certitudine este că mayașii și-au abandonat brusc orașele în secolele IX-X d.Hr. e., după ce au aruncat tot binele câștigat și uriașele piramide create de mâinile lor, părăsind agricultura și abandonând riturile rituale. Există încă doar presupuneri despre ceea ce s-a întâmplat.
Oamenii de știință consideră că principalul semn al declinului este încetarea creării de noi plafoane, începând cu secolul al X-lea d.Hr. e. Conform calendarului Maya, în anul 889 conform calendarului nostru, ei au încheiat un mare ciclu de timp, acesta a fost un eveniment serios pentru acest popor. Dar stele au fost ridicate doar în trei orașe mari. Acest lucru ne permite să spunem că, începând din secolul al X-lea, orașele au fost abandonate de localnici, iar multe dintre ele au fost „capturate” de junglă, în timp ce altele au fost așezate de triburile toltece.
Oamenii de știință nu pot explica nu numai motivul declinului orașelor, ci și de ce teritoriile centrale ale mayașilor au pierdut brusc cea mai mare parte a populației. Opiniile oamenilor de știință sunt împărțite, ei cred că motivul pentru aceasta ar putea fi declinul agriculturii, dezastrele naturale sau sociale, epidemiile, invazia altor triburi și captivitatea mayașilor sau dezechilibrul sexelor în populație - chiar sunt multe ipoteze. Unii dintre ei chiar atribuie dispariția mayașilor intervenției forțelor extraterestre. În același timp, niciuna dintre aceste presupuneri nu a găsit o confirmare convingătoare.
Cercetările din Yucatan au arătat că la mijlocul secolului al IX-lea, alte popoare din centrul Mexicului au invadat teritoriul Maya, iar în vestul peninsulei au fost chiar descoperite multe obiecte create în această perioadă și care nu aparțineau poporului Maya. La Seibale, de exemplu, au fost descoperite multe stele și obiecte religioase, precum masca lui Tlaloc, aparținând poporului toltec. Este posibil ca alte ținuturi mayașe să fi fost deja slăbite la puteredin motive necunoscute, așa că era relativ ușor pentru invadatori să pună mâna pe noi pământuri.
În prezent, cercetările arheologice sunt în desfășurare în locurile în care a trăit civilizația mayașă dispărută, oamenii de știință continuă să lucreze cu texte antice, încercând să le înțeleagă semnificația. Poate că descifrarea înregistrărilor Maya aparținând perioadei târzii a existenței lor va ajuta la luminarea misterului dispariției lor, după care doar un mic grup de oameni aparținând mayașilor a continuat să trăiască pe aceste meleaguri.