Persecuția, calomnia și acuzațiile de vrăjitorie - acestea sunt acuzațiile pe care oamenii de știință din Evul Mediu le-au primit cel mai des pentru munca lor. Cu toate acestea, datorită eforturilor lor, omenirea a reușit să învețe multe despre natura lucrurilor. Oamenii de știință au fost, de asemenea, în rândurile apărătorilor înfocați ai creștinismului, munca lor a făcut posibilă realizarea unor schimbări în structurile bisericii. Un astfel de om de știință a fost Toma d’Aquino, un filozof care a trăit în secolul al XIII-lea. A devenit fondatorul mișcării numite „scolastică”, datorită lui operele lui Aristotel, criticate anterior ca o manifestare a lumii antice fără spirit, au câștigat recunoaștere. Principala sa lucrare a fost cartea „Suma teologiei”, în care a înălțat omul ca o combinație de spirit nemuritor și trup.
Teoriile sale au fost acceptate ca ideologie oficială a bisericii. El a fost cel care a prezentat cinci dovezi ale existenței lui Dumnezeu, în timp ce a susținut că adevărurile dovedite de știință și dogmele bisericești nu se pot contrazice. La ceva timp după moartea sa, a fost canonizat.
Până la sfârșitul acestei perioade, oamenii de știință din Evul Mediu au început să fie interesați de problemele structurii lumii, mulți dintre ei au observat în lucrările lor că natura reală a lucrurilor diferă în multe privințe de ceea ce spune Biserica. Fondatorul acestei tendințe științifice a fost Roger Bacon, care a trăit între 1214 și 1294. El a susținut că omul, în virtutea naturii sale, luptă pentru adevărul absolut, dar Dumnezeu dezvăluie doar o parte din cunoașterea cunoscută. Leonardo da Vinci poate fi numit și adeptul său, care a preferat să se angajeze în cercetări practice. Roger Bacon a fost primul care a prezentat idei despre crearea unui telescop și a mecanismelor de zbor, deși acestea au fost implementate mult mai târziu.